رشته ریاضی یکی از قدیمی‌ترین رشته های این دانشگاه است. گروه ریاضی از بهمن ماه سال 1370 با پذیرش 35 دانشجو در رشته ریاضی فعالیت خود را آغاز نمود. دوره کارشناسی ارشد ریاضی نیز در ششمین سال فعالیت دانشگاه در سال1376 راه‌اندازی شد. دوره دکتری ریاضی  محض از سال 1384 با گرایش آنالیز موجک و در قالب قرارداد همکاری مشترک با دانشگاه سنت‌پطرزبورگ روسیه شروع شد. در همین رابطه پروفسور ماریا اسکوپینا از استادان ریاضی آن دانشگاه یک نیمسال در این دانشگاه حضور یافته و به تدریس پرداخت. ه تدریج دوره دکتری در دیگر شاخه‌ها و گرایش‌های ریاضی نیز راه‌اندازی شدند. در حال حاضر تعداد 26 دانشجوی دکتری در شاخه‌های ریاضی محض و ریاضی کاربردی و درگرایش‌های مختلف مشغول به تحصیل هستند. تا قبل از سال 1391 پذیرش دانشجوی دکتری در این دانشگاه از طریق برگزاری آزمون کتبی و مصاحبه شفاهی انجام می‌شد. در برگزاری این آزمون استادانی از دیگر دانشگاه ها نیز مشارکت داشتند. پس از شروع سیاست­های جدید وزارت علوم مبنی بر برگزاری آزمون متمرکز، این دانشگاه با انجام مصاحبه و بررسی مدارک علمی متقاضیان، دانشجویان خود را از بین معرفی شدگان انتخاب می‌کند. پذیرفته شدگان ملزم هستند بر اساس آیین‌نامه دکتری دانشگاه، قبل از آزمون جامع نسبت به اخذ نمره قبولی در درس زبان اقدام کنند. حداقل نمره زبان قابل قبول  برای این دانشگاه به صورت : 50 از MSRT  و 460 از TOLIMO  و 5 از  IELTS و  500 از TOEFL  است. دانشجویان پس از گذراندن واحدهای درسی که شامل 4 درس  4 واحدی می‌باشد و کسب نمره لازم از زبان خارجی، ملزم به گذراندن آزمون جامع هستند. این آزمون توسط هیأت داوران که حداقل دو تن از آنها از دیگر دانشگاه­ها دعوت می‌شوند به صورت کتبی و شفاهی برگزار می شود. تمامی داوران در طراحی سوالات، تصحیح برگه‌ها و انجام مصاحبه حضور دارند، آزمون هر سال دو نوبت در نیمه دوم شهریورماه و نیمه دوم بهمن ماه برگزار می شود.